پژوهشکده علوم و فناوری‌های پزشکی اولین نهاد تحقیقاتی در کشور است که با همکاری وزارت بهداشت و وزارت علوم در جهت تقویت تحقیقات میان‌رشته‌ای مورد علاقه طرفین تاسیس شده است. به‌منظور کاهش شکاف و تقویت تعامل میان محققین علوم پایه و مهندسی با پژوهشگران علوم پزشکی، دکتر فرهادی وزیر محترم علوم تحقیقات و فناوری و دکتر رضا ملک‌زاده معاون تحقیقات و فناوری وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی در سال 1394 با ایده تاسیس یک پژوهشکده مشترک بین دو وزارت توافق کردند و مأموریت انجام این مهم را به دکتر طهرانچی ریاست وقت دانشگاه شهید بهشتی سپردند. متعاقبا، دکتر مجتبی زارعی مسئول راه‌‏اندازی پژوهشکده تحت عنوان «پژوهشکده علوم و فناوری‏‌های پزشکی» تعیین گردیدند. پژوهشکده علوم و فناوری‏‌های پزشکی با سه گروه در تاریخ 1395/3/29 به تصویب شورای گسترش وزارت علوم، تحقیقات و فناوری رسید.