هرساله تعداد قابل توجهی از پروژه‌های پژوهشی و فناوری در پژوهشکده علوم محیطی و به‌سفارش مراکز و سازمان‌های مختلف انجام می‌شود که اغلب آنها کاربردی بوده، در زمینه‌های زیر انجام می‌شود:
• فناوری‌های نوین تصفیه آب و فاضلاب
• استقرار نظام اقتصاد سبز
• مكان‌يابی توسعه و استقرار صنایع
• شناسایی گونه‌های گياهی و جانوری
• انجام خدمات نمونه‌برداری و آزمايشگاهی
• پايش كيفيت فيزيكی، شيميايی و ميكروبی
• تدوین استانداردهای محيط زيست
• ارزش‌گذاری اقتصادی منابع طبیعی و تعیین هزينه‌های ناشی از تخریب محیط زيست
