کتابهای تألیفی و تصنیفی

1. "مبانی زیست فناوری گیاهی نوین و ایمنی زیستی"
   مسعود توحیدفر، مهسا کریمی ، مائده فیض بخش
   دانشگاه شهیدبهشتی - تهران، ایران، 1400، شابک: 9789644575501
2. "زيست فناوري جديد و ايمني زيستي در حوزه محيط زيست"
   amir mosavi, mehdi mostavafi, fahimdokh mohktari, Masoud Tohidfar, mothhereh mohsenpour
   آموزشكده محيط زيست - وابسته به سازمان حفاظت محيط زيست, Iran, 2021, ISBN: 3423-45
3. "اصول و کاربردهای کشت بافت گیاهی"
   مسعود توحیدفر، رض.ان اسادات کازرونیان ، نغمه خلیلی
   دانشگاه شهیدبهشتی - تهران، ایران، 1397، شابک: 245654
4. "مهندسی ژنتیک و رو ش ها (تجدید نظر کتاب اصول و مبانی مهندسی ژنتیک)"
   محمد علی ابراهیمی، مسعود توحیدفر
   دانشگاه پیام نور تهران، ایران، 1396، شابک: 978-964-14-0476-7
5. "مبانی بیوتکنولوژی"
   محمد علی ابراهیمی، مسعود توحیدفر
   دانشگاه پیام نور تهران، ایران، 1393، شابک: 978-964-14-0201
6. "اصول و مبانی مهندسی ژنتیک"
   محمد علی ابراهیمی، مسعود توحیدفر، ائلیاز احمدی نیک
   دانشگاه پیام نور تهران، ایران، 1392، شابک: 978-964-14-0109-4
7. "تولید پروتئین های نوترکب در گیاهان"
   مسعود توحیدفر، مطهره محسن پور ، سولماز خسروی
   حق شناس، ایران، 1392، شابک: 978-600-7304-01-3

کتابهای ترجمه ای

1. "بیوانفورماتیک کاربردی"
   معصومه نعمانی ، مسعود توحیدفر
   دانشگاه شهیدبهشتی - تهران، ایران، 1400، شابک: 978-622-7571-12-7
2. "شبکه های زیستی"
   معصومه نعمانی، مسعود توحیدفر
   آتی نگر، ایران، 1396، شابک: 978-622-6102-29-2